北京时间12月10日，上海申花队老板朱俊在上海金尊酒店进行的2008赛季中超备战会上，正式宣布将吴金贵扶正，带领上海申花队征战2008年的中超联赛。在经过了外界的诸多猜测后，始终处于雾里探花的申花新帅也终于有了眉目，由始至终以最大热门身份出现的吴金贵继续执教上海申花队也可谓是众望所归。

吴金贵在上海申花队可谓是老资格了，早在1996年末的时候，他已经来到了上海申花队，成为了球队的助理教练，辅助着上海申花队一步步达到顶峰。上海申花队之所以多年来始终处于中国足球的顶峰之列，吴金贵在其中无疑立下了汗马功劳。他在上海申花队其中付出的种种心血，使他成为了上海足球的股肱之臣。

在他做助理教练这近6年的时间里，正好赶上了洋帅大量涌入中国足坛的时期。在这其中，驾信外来的和尚更会念经的上海申花队更是其中的先行者。这样，在6年时间里，吴金贵先后辅佐了保加利亚人斯托依科夫，前波兰国家队主教练安杰依斯特雷劳，巴西教头墨里西，拉扎罗尼，南斯拉夫教头彼得诺维奇等多名洋帅，从中学习到了东欧，巴西和前南等多个足球强国的风格，为日后的成功打下了坚实的基础。

在他的辅助之下，上海申花队的成绩相当不俗，始终保持着国内足球一流强队的风范。先后辅助了上海申花队夺得了1997年，1998年，2000年和2001年四个甲A联赛的亚军，此外，上海申花队在其中还获得过1998年足协杯的冠军和1999年超霸杯的冠军。不过，值得遗憾的是，在这其中，上海申花队始终低大连一头，没能获得一个联赛冠军。

在2002年的7月，多年出任申花队助理教练的吴金贵终于被扶正，成为了上海申花队的主教练。吴金贵出手后，果然成绩不俗。在他执教上海申花队的第一个完整的赛季里，上海申花队便成功的夺得了末代甲A联赛的冠军，初步的显示出了一代名帅的风采。

2003年的甲A是中国职业化历史上少有的乱世。上海申花，新兴势力上海中远和老牌劲旅大连实德你方唱罢我登场，上演了一出三国演义的局面。吴金贵深懂韬光养晦的原理，在上海申花队在联赛上半程并不占据优势的情况下，带领球队在下半程进行了绝地大反击。以上海德比战的胜利作为代表，完成了绝地反击，在最后一轮前还领先着同城的小兄弟中远一分。虽然上海申花队在最后一轮以1-4惨败深圳，但由于中远队同样在天津队的身上翻船，使得上海申花队仍然有惊无险的夺得了甲A联赛的冠军。

在正式执教的第一个赛季里便夺得了中国顶级联赛的冠军，在中国足球的历史上也算是开天辟地的头一遭了。在上海申花队并不被外人看好的赛季里，带领球队拿下了联赛冠军，也一举奠定了他在中国足坛的地位。

在2006年，吴金贵再一次回到了上海，回到了上海申花队。在这一年的联赛中，上海申花队未能重复着吴金贵昔日的神奇，未能再次夺得联赛冠军。在这一年中，山东鲁能队异常恐怖，以绝对的优势问鼎了中超联赛的冠军，没有给后来者丝毫的机会。

在这个背景下，在上海申花队上半程联赛战绩不佳的情况下，能够在下半程奋起直追，成为联赛亚军，并抢到一张亚冠联赛的入场券，吴金贵着实是功不可没。

由于在2007赛季初，上海申花队被朱俊收购，朱俊任命吉梅内斯作为新申花队的主教练，吴金贵没有了用武之地。但是，在下半赛季中，吉梅内斯带领的申花队偏离了航程，连战不胜，排名一路下滑，并早早的退出了夺冠军团后，上海申花队再一次让吴金贵救火。

这一次，作为救火队员的吴金贵再一次不负众望，带领低迷的上海申花队稳定住了阵脚，最终获得了中超联赛的第四名收官。但是，比他取得的成绩更吸引人的是与肖战波其中的是是非非。

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